Nel 1264 Obizzo d’Este ebbe la meglio sulla rivale famiglia dei Salinguerra, potente famiglia di ispirazione ghibellina, e per oltre tre secoli la scena politica della città e del territorio di Ferrara fu dominata dalla famiglia d’Este. Questa continuità politica e amministrativa ha fatto si che lo splendore di Ferrara e della corte Estense crescessero verso un riconosciuto spazio tra le corti europee più prestigiose.

Il Castello di San Michele sorse nel 1385 in conseguenza di una violenta insurrezione del popolo di Ferrara, stremato dalla carestia e vessato dalle gabelle. Fu edificato per volere del marchese Niccolò II d’Este che ne incaricò l’architetto Bartolino da Novara. Il Castello sorse a ridosso delle mura settentrionali della città, là dove già sorgevano la Porta e la Rocca dei Leoni. Attorno alla Rocca vennero erette tre torri, disposte a formare un quadrilatero con un cortile al centro, raccordate da bassi corpi di fabbrica.

L’intero edificio venne poi circondato da un ampio fossato collegato alla rete di canali che allora attraversava la città.

Soltanto alla fine del Quattrocento, con Ercole I d’Este il Castello venne sopraelevato di un piano e divenne sede della corte. Dal 1492, con la realizzazione dell’Addizione Erculea, il grande piano urbanistico di Biagio Rossetti, la città raddoppiò il proprio perimetro verso nord ed il Castello si venne a trovare al centro della città.

A partire dal 1505 con il duca Alfonso I, la cosiddetta Via Coperta, il ponte che collegava il Castello al Palazzo Ducale, diventò una vera e propria ala di palazzo, dove Alfonso realizzò i famosi “Camerini”, sede della sua prestigiosa raccolta d’arte.

Dal 1554, a causa di un grave incendio, iniziò un ciclo di lavori che, grazie all’intervento di Girolamo da Carpi, trasformò radicalmente l’aspetto del castello da militare a cortese, innanzitutto con l’abolizione dei merli medievali e la loro sostituzione con le eleganti balaustre di marmo e poi con l’innalzamento delle altane, che slanciavano la struttura e invitavano alla contemplazione del paesaggio dove la fitta trama dei giardini urbani preludeva a quelli, altrettanto straordinari, delle Delizie.

Nel 1598 gli Estensi dovettero abbandonare Ferrara per la mancanza di un erede legittimo riconosciuto dalla Chiesa. Dopo la devoluzione della città allo Stato Pontificio i cardinali legati si insediarono nel Castello dove rimasero, sostanzialmente, fino all’Unità d’Italia. Nel 1874 l’Amministrazione Provinciale acquistò all’asta il Castello per 110 mila lire. Negli ultimi quarant’anni cicli successivi di restauri hanno recuperato gli spazi originari del monumento e lo hanno progressivamente restituito alla fruibilità pubblica.